寛さん、こんにちは！
理系女子大生コミュニティ凛のしゃもといいます！
現在理学部生物学科の3年生です。

京都大学のHPを見てみたところ、結論から言うと行動学・生態学はどちらでもできると思います。
（行動学・生態学は比較的近しい分野なので両方調べてみました。）
ただし、研究対象の生物種は異なりそうです。理学部の生物系は霊長類の研究で非常に有名なところです。また、理学部の動物学教室ではヘビや昆虫の行動学について、魚類・昆虫の生態学について学べそうです。
（参考リンク)
http://ethol.zool.kyoto-u.ac.jp/laboratory.html
https://sites.google.com/site/animalecologyku/
http://www.pri.kyoto-u.ac.jp/sections/reicyou_yasei/reicyou_yasei.html

京大農学部でも生態学は学べそうです。（特に魚類）
（参考リンク）
http://www.cohho.kyoto-u.ac.jp/about/unit/


京大についてはこんな感じでした。農学部は生き物を生物資源としてみて、そこからアプローチするので、同じ生態学といっても理学部でやる生態学とは切り口が異なると思います。
おすすめなのはオープンキャンパスで理学部と農学部それぞれに行ってみることです。行動学も初めのうちはカリキュラムのうちの一つとして学ぶことになると思うので、シラバスなどで他の科目を見て理学部・農学部どちらに進みたいか決めてみてください。

また、他の大学についても同様で、理学部でも農学部でも学べる場合があると思います。なので、結局はHPの研究室や教員の先生の専門分野を調べてみるのがいいと思います。

過去の質問で、もしかしたら参考になるかも。というのがあったので、リンクを貼っておきます。良ければ見てみてください！
https://www.rikejo.jp/ask/4781