アキラさん、こんにちは☀
基礎医学の研究者、素敵ですね。ぜひ、夢をかなえてください！

さて、志望校ですが、研究という観点だけで見るのであれば、東京大学がいいです。
それはアキラさんも書いていますが、まず資金力が違います。そこは研究を進めていくうえで、非常に大きいです。
ただ、“学部から学ぶ”ことを考慮すると、どちらもメリットデメリットあります。
やはりそもそも大学の雰囲気がありますので、自分に合う合わないがあります。
両方の大学いたわけではないので、断定はできませんが、東京大学は最高学府であるがゆえに、周りにいる人もそれなりのレベルですし、先生方もいちいち教えません。
それが合うのであればよいですが、合わない人もいるでしょう。
だからといって東北大学のほうが合うとも限りませんが、少なくとも東京大学よりは指導が細かいでしょう。

また、大学と大学院で学校を変えるという方法もあります。
大学は学ぶところ、大学院は研究をするところ、ですので、それぞれのメリットだけを取るということも選択肢に入れてもいいかもしれません。

あと気にした方がいいのは“同期”です。
やはり研究を進めていくにあたって、同期、あるいは横のつながりがあるといいです。
大学院修士までは理系だとだいたい行くので同期がいるのですが、博士課程までいくと一気に減ります。
その点、東京大学は他大学に比べて博士課程進学率が高いですので、同期も多いです。
東北大学だと学科で1人いればいいぐらい。
別に気にしないという人もいますが、やはりいれば心強いのも事実です。
だからと言って、東京大学に行く理由にはならないかもしれませんが・・・笑

どの観点で“大学院”を選んだかといわれると、それは自分がやりたいことをやっている研究室があるかどうか？ですが、どの観点で“大学”を選んだかといわれると、正直大学院ほどは考えていなくて、学びたいことが楽しく学べるところ程度です。
実際、高校生の時に思い描いていた道とは違う道に進むことも多いので(私も)、のびのびと幅広く学べると思う方を選んだ方がいいと思いますよ。