yakuyakuさん、こんにちは。
私は薬学の人間ではないので、少々事情は異なりますが、大学教員として博士課程に進学したものとしてお答えいたします。

まず博士課程に対してネガティブな意見が多いとのことですが、確かにそれが現実です。
内容についてはいろいろと調べられているようですので敢えてここでは書きませんが、大体ネットに書かれているようなことは事実です。
博士課程というのは、そのネガティブな状況を分かったうえで進学したい、研究がしたいと覚悟をもった人だけが進学するところです。
ネットにも書かれていると思いますが、進学しても生き残れない人も大勢います。
このような事情をわかったうえで、進学を希望されるなら大賛成です。

私も修士を卒業して企業に就職するつもりでしたが、M2のときにやっぱりもう少し研究したいな、このままではちょっと物足りないなっと思って博士課程に進学しました。
業績が無いことを心配されていますが、博士に進学する前に業績がある人の方が珍しいですよ(分野によってはこの辺りの事情が少々異なりますが)。

また将来的にはアカデミアに残るつもりはないとのことですが、現在企業側も博士を取った人材を重宝するようになってきていると聞いています。
そのため大学でもっと博士人材を育てよっと。
背景には日本の科学技術の衰退等いろいろとありますが、企業側も博士の学位を取ることを歓迎する風潮が広がっているのは事実です。
そのため、将来企業に就職するにしても1つの資格として“博士”を取得しておくことはメリットになるのではないかと思います。

研究室についても悩まれていますが、これはやりたい研究ができる研究室に行った方がいいでしょう。
今いる研究室でやりたいことができているのであれば敢えて変える必要はないですし、いまいちちょっと・・・っと思うようであれば、自分がやりたいことをやっていそうな研究室を探してそちらの研究室に変わるというのもありです。

もし迷うようであれば、現在の指導教員に相談してみるといいですよ。
指導教員も博士に進学した人の1人ですからね。