こんにちは！理系女子大生コミュニティ凛のメープルです。

ご存知かもしれませんが、防衛医大卒業後は9年間自衛隊に勤務することが義務付けられています。この期間以降に関しては特に制約がないため可能です。
私自身、防衛医大医学科の受験経験があるのですが、その際に担当してくださった自衛隊の方にお伺いした中では医官の離職率は高そうでした。なのでやめることに関しては問題ないと思います。
国境なき医師団に参加するにも色々と条件があるみたいなので、自衛隊の辞職後に色々と勉強も必要かもしれませんが、海外派遣に積極的に参加しておけば、元自衛隊幹部という肩書きもありますしかなり優遇される気がします。

素敵な夢ですね。頑張ってください！応援しています。