私はバイオ系の研究の方に行きましたが、SEの知り合い、情報工学の博士課程にいる知り合いもいるので、それも含めてお答えします。

色々やりたいことがあると、進学の時に迷いますよね。まず、大雑把に日々の業務などを箇条書きにしてみます。

ーSE
基本的に会社内のシステムを作る仕事。プログラミングなどは（今はPCで制御、管理があるため）結構やることも多い。また管理ソフトなどを販売する会社に入社したら自社のためではなく、他社のためにカスタムで管理ソフトなどを作ることも。時間キツイ。システムが動けばOK。

ーCSの研究職
新しいアルゴリズムなどを開発。現在ほぼ１００％の研究がAI関係（らしい）。ハードウェアなどの開発に携わることもあり。ほとんど人と合わない。時間は結構自由だが、新しいアルゴリズムを作らないと卒業できない。データなども解析する。現在のCS大国は多分中国かアメリカ。大抵卒業後、企業に就職。シリコンバレーなどは給料が大変高い。

―バイオ系の研究職
薬学部だけではなく、生物、医学部などからも集まってくる。一つの薬や治療法を開発するのに様々なことを考えなければいけないので、進学先は結構自由が利く。動物実験から臨床まで、様々な分野がある。時間は結構自由。データ解析は多い。日本は製薬関係では陰りを見せている。イギリス、アメリカなどが先進。実験が失敗した時、なぜ失敗したのか考えなければいけないのが辛い。シミュレーションなどをしたりする場合はプログラミングスキルが重要（今は統計処理もRと言うプログラミングが必要なソフトを使う）。

私の場合、プログラミングは抜群にできるわけではない＋手先を使うのが好き＋情報処理には興味がある、で神経関係のバイオに進みました。シミュレーションもあり、プログラミングあり、数式あり、生物特有の実験あり、で自分が好きなものが結構詰まっている分野です。CSの博士課程の学生は新しいアルゴリズムを考えるのが好きなようです（私は他らしいアルゴリズムを作るのは興味がないのでCSには進みませんでした）。SEはキツイが、社員なのでモラトリアム人間でいる時間が少なく、プロジェクトが終わればそこでそのことについては考えなくていいので、そこが楽、と言っていました。

私は「自分が何をやっていたら辛くても我慢できるか」で選びました。どれも楽な仕事ではないので…先に仕事を決めてから、その仕事についている人の経歴を調べ、それで進学先の学部などを決めていきました。お金には興味がない、退屈なのは大嫌い、など、自分の性格のことも考えると結構うまくマッチする気がします。

自分がこれからウン十年何をして生きていきたいのか、を考えると後から満足したキャリアが築けると思います。頑張ってね！