専門家でないので申し訳ないのですが。
なぜ、苦手なのに、高3で化学Ⅱを取ると決まっているのですか？
カリキュラムの問題ですか？
受けたい大学にその科目が必須だからですか？

それならば、書いて書いて書きまくるしかありません。
手が覚えるまで構造式を書く。これが一番の解決法です。

英単語を覚えるのにはとにかく書くかキーボードを打ち続け、キーパッドの配列を覚えてブラインドタッチにし、発音からある程度綴りが類推できるようになります。
これは語学だけでなく、勉強全体に有効な勉強法です。

急がば回れ。
とりあえず、構造式を書きまくりましょう。
一つ見えてくると、絡んだロープがするっと解けるように見えてきますよ！
ファイト！

私は有機化学の分野は、単語カードのようなものをつくり、
表に物質名、裏に構造式を書いて、すぐ答えられなかったカードは先頭に入れ替える、
といった感じで覚えてました。

あとは、問題を解きながら、間違えたところは何度も繰り返してましたね。
勇気は、ゴムやポリエチレンなど身近なものに関する構造式もたくさん覚えなければならなったので、資料集を毎日持ち歩いて、写真と一緒に構造式を暗記していったりもしてました。

有機は大好きだったので、ポリエチレンテレフタラート（ＰＥＴ）の構造式をペットボトルに
マジックで書いたり…とちょっと気持ち悪い暗記法も試しました（笑）

あとは、ε-カプロラクタムとかトリニトロトルエンとか、普通の人は知らないような名前を
知ってるっていうのがカッコイイと思ってたので、こういうヘンテコな名前の物質名のほうが意外に早く暗記できました。今でも覚えてます。
「こんな難しい構造式を私は書けてしまう、すごい」ぐらい自分をおだてると覚えやすくなるかもしれません。