うのはさん、こんにちは！
理系女子大生コミュニティ凛のふうちゃんです。
普段は大学で生き物の勉強をしています。

医療系の分野に興味があるのであれば、薬学部（4年制）か理学部の生化学系が近いのかなと思いました。医工学であれば工学部となると思います。

研究室に所属して研究をするのは大学3,4年生からとなるので、その間の2,3年間で自分がどのような専門性を身につけていたいか（またはどのようなアプローチ方法で自分のやりたいことを研究するのか）によって学部学科wo
選ぶべきだと思います。
ヒトの身体の仕組みや薬の作用について興味があれば薬学部、もっと広い意味で生き物の仕組みについて興味があれば理学部の生物系、化学的に薬の作用効能などを知りたいのであれば理学部の化学（生化学）系、だと思います。（医工学については詳しくないのでお答えできず申し訳ありません。）
各学部学科のことはもう少し詳しく出てくると思うので自分で調べてみてください。

大学生になって思ったことは、自分がやりたいと思ったテーマを研究している研究室は少ないといことです。なので自分がやりたいことをもう少し抽象化してみてそれをできそうなところを探すといいと思います。
また、研究ベースの学部学科では多くの大学生が大学院に進学します。その際に、学部時代の研究を続ける人もいれば他大学を受験して別の大学の研究室で研究をする人もいます。なので、他大を受験して大学院で自分がやりたいテーマの研究ができる可能性もあります。

生物未履修についてですが、名古屋大学の生命理学科のQ&Aページをみてみると物理専攻の方もいらっしゃるようです。受験科目や形態によると思いますが、物理で受験ができるのであれば生物系の学部学科でも物理専攻の方は一定数いるのではないかと思います。他の大学のQ&Aページにも同じようなことが載っているかもしれないので調べてみるといいかもしれません。
http://www.bio.nagoya-u.ac.jp/introduction/faq.html

質問の意図とずれた回答になってしまい申し訳ありません。
うのはさんの希望の進路が描けることを願っています！