Ryoさん、こんにちは！
東京都内の大学院で建築を専攻している大学院生です。

専攻が建築学であるため、具体的にこの大学・大学院に進学すればアレルギーに関する研究ができる、という回答をすることはできないのですが、
研究室に所属して研究を行っている身として、少しアドバイスをしたいと思います。

＞将来アレルギーに関係する研究ができないということはありますか？
ということですが、
どの大学で学んだかということよりも、
企業に就職して研究を行うのか、それとも大学に残って研究を続けるのかで変わってくるのではないかな、と思います。
まだ、一度も就職をしたことがないので、就職活動をしている間に話を聞いて想像したことではありますが、
企業に就職して研究を行う場合、必ずしも希望の研究が行えるわけではないな、と感じています。
どの研究所に配属されるか、どのチームに配属されるかによって、アレルギーに関係する研究ができたりできなかったりすると思います。
その点、大学に残って研究を続ける方が自分のやりたい研究ができる可能性は高いと思います。
ただし、大学に残って研究を続けるのは、金銭的な面でなかなか大変だと聞いたことがあります（運が良くなければなかなかポストが見つからないらしい……）。

話は変わりますが、
研究したいことが割とはっきりしている場合、
大学よりも先生を見た方が、それを叶えることができる確率があがるな、と大学に入ってから感じました。
アレルギーと一口に言っても、いろいろな切り口があると思います。
Ryoさんは、アレルギーのどの部分に興味を持ち、研究をしたいと思っているのか。
そこをもう少し深堀して、それに近いことをテーマとしている先生を見つけることができれば、（先生が移動してしまうこともあるので100%とは言えませんが）自分の決めた進路により自信を持てるようになるのではないでしょうか。

少しでも参考になるところがあれば幸いです。
頑張ってください。応援しています！