こんにちは。現在理工学部応用化学科に進学している者です。

理学部化学科と農学部応用生命科学科の違いについて、大学によって学習内容や研究内容は大きく異なってくるので、一概にそうとはいえませんが、個人的な印象として、化学科はどちらかというと理論や基礎研究（製品を作る基盤となるような研究）に重きを置いていることが多いように感じます。その一方で、私の所属している応用化学科や応用生命科学科は学科名にも含まれているように、応用研究（新たな製品を実際に作る研究）に重きを置いていることが多いように感じます。
どちらが適しているのかについて、有機化学自体を深く学びたいのであれば化学科、有機化学の知識を応用することに興味があるのであれば応用生命科学科を個人的にはおすすめします。ただ、初めにも述べたように大学によって学習内容は異なるので、判断するにあたって一度志望大学のHPなどで研究室の研究内容などを見てみてください。
どちらの学科に進学しても化学系の研究員に通じるようなことが学べますので、自分が興味のある方に進学するのがベストかなと思います。

少しでもこの回答が参考になれば幸いです。頑張ってください！