Succulentさん、こんにちは☀
研究者になりたいのであれば、医学部に行っても農学部に行っても同じですよ(*^^*)
ただ医学部に行くと医師免許も取れますから、そちらでの就職も可能です。
要はつぶしが利くということですね。

農学部にしろ、医学部にしろ、研究者として生きていくことが大変なのには変わりありません。
“ポスドク問題”とも言われていますが、どの分野にしろ研究者の就職先は少ないですからね。
それをわかったうえで研究者の道に進まないと、研究はやっていけません。
研究で生きていけなくなった(就職先がなくなった)ときに、医師免許を持っていれば医者としてどこかに就職することはできますから、その点は医学部の利点です。
ただ医学部には医学部独自のしきたりがありますから(最初から6年制だったり、病院実習があったり、研修医をやらなければいけなかったり等)、その部分も考慮したうえで選んだ方がいいと思います。単純に研究だけしているわけではないですからね。

それから研究者になりたいのであれば、やりたいことをやっている研究室があるところに行った方がいいです。
腸内細菌に興味があるとのことですが、その腸内細菌のどういったことを研究するかでも分野が異なってきます。
医学部かもしれないし、農学部かもしれないし、もしかしたら理学部の生物分野かもしれません。
すでに旧帝大か医学部クラスに絞っているようですので、各大学の農学部(あるいは理学部)・医学部のHPに載っている研究室の情報を見てみて、興味のある研究室を調べてみるといいです。
その研究室が所属している学部に進学するのがいいと思いますよ。