こんにちは。
薬学部ではありませんが、製薬企業への就職予定の者として回答させていただきます。

製薬関連のお仕事は多岐にわたります。創薬ターゲットや効能を研究する研究職、動物への安全性を確かめる仕事、治験の申請や実施を行う開発職、病院に薬を売る営業職などです。

「製薬会社の企業は6年制卒か院卒を多く採っている」という情報は、開発職および研究職の採用に関しては、やはり院卒以上が多い印象です。

4年制→院卒と6年制を比べるとどちらが就職後により大学の知識を生かせるか、という点ですが、どちらが良いということは難しいです。

薬剤師免許をもって研究している方は、臨床現場の知識や実習の経験が活かされると思いますし、創薬学科卒の方は、より研究の知識が多く、専門的な話にも強いのではないでしょうか。
しかし、大学での研究と会社に入ってからの研究は大きく異なるため、どの学科を卒業しても、企業に入ってからがんばることのほうが重要だと思います。

製薬会社は、多様なバックグランドを持った人を求める傾向が、あるため、特定の学科に入らないと製薬会社に行けないということはないと思います。大学の学科のホームページには卒業生の進路情報があるので、参考にしてみてください。