私も研究室でのハラスメントが原因でうつ病になり、現在も苦しんでいます。
医学部ではないので大学入試で面接はしたことがないのですが、
うつ病の経験があると面接で不利になるというのはおかしいと思います。
欠席の理由は確かに訊かれるかもしれませんが、うつ病は10人に１人は経験すると言われている病気で、医学部では必ず学ぶはずです。

骨折したり、インフルエンザにかかったことがあるのと同じです。
病気や怪我をした事があると医師になれないというのはおかしいですよね？
むしろ病気と闘ってきた経験は医学を学ぶ上で大きな糧になると思います。
だって貴方は他の人よりうつ病の患者さんの苦しさを理解する事ができるはず。

面接で訊かれても、病気で、うつ病で欠席せざるを得なかった。と答えて大丈夫だと思います。
医学を学んだ人ならば、それを変に誤解したり、差別することはないはず。
病気に負けないようがんばって治療してきたこと（ちゃんと休むのも治療のうちですよ。うつ病の治療の基本は休養ですから）、そしてその経験を糧に患者さんの痛みを分かち合うことができることは、欠点ではなくてあなたの強みです。
胸を張って、素敵な医師になってください。