なのめーとるさん、こんにちは！
私は理系女子大生コミュニティー凛のメンバーで、お茶の水女子大学理学部生物学科１年のさらさらです。

ご質問ありがとうございます。私自身が食品系ではないので、調べた範囲からの回答となってしまいますが、参考になれば幸いです。

まず、各学科の特徴がわかりやすいと感じた部分を引用してみました。（実際は大学によって研究内容などが多少異なると思いますが...）


応用生物学科

「応用生物学では、生命活動や、生体分子や遺伝子、酵素、細胞など生物の身体を利用して、人間に役に立つ技術を開発するための、最も基礎的な技術を研究対象としています。
応用生物学の研究対象や手法には、さまざまなものが含まれますが、大きく分けて、生物の身体を有用な《資源》としてみる視点と、生体の身体の《機構》を技術に応用する視点の2つの方向性があります。
　前者には、生体物質に手を加えて新しい物質を創造する「生物資源工学」、遺伝子の機能を利用して農作物や医薬品を開発する「遺伝子工学」、微生物のはたらきで、古紙や廃材を利用可能な物質（バイオマス）に加工する「応用微生物工学」など、主に資源やエネルギー、物質などへ応用できるさまざまな研究テーマが含まれます。
　また、後者は一般に「生体機械工学」といわれる研究領域で、精巧につくられた生き物のメカニズムを“真似て”、人に役立つ技術を開発しようというアプローチです。動物の身体をモデルにした機械メカニズム、人間の脳と神経組織をモデルにした信号伝達システムなどの研究があります。」
https://www.gyakubiki.net/gnr/gbn0406.html

食品生物学科

「食品生物科学科は、食品の開発や生産に関わる高度の技術者・研究者を育成することを目的として平成13年度に設置された、農学部で一番新しい学科です。この目的のために、生化学、有機化学、物理化学、分子生物学などを中心に体系的に学んでいくことになります。内容としては、分子レベルのミクロの内容が大半となります。なので、生産や流通など、食品についてもっと大きい枠組みで学びたい、という人はこの学科は合わないかもしれません。逆に、分子レベルでの食品改良をしたい、という方にはまさにうってつけです。」
https://www.welcome-kyodai.com/大学生活について/学部-学科紹介/農学部食品生物科学科/

生物機能化学科

「生物機能化学科では、＜バイオサイエンスとバイオテクノロジー＞を共通のキーワードとして最先端の教育と研究が行われています。本学科の研究分野は大変多岐に渡っています。植物、動物、微生物などの生物の示す生命現象の発現機構に関わる基礎的研究を通じて、食糧、健康、資源エネルギー、環境など、人類の生存にきわめて重要な基本的な課題を解決しようというのが、私たちの大きなねらいです。
生物機能化学科は下記の10分野から構成されています。
植物栄養学
土壌学
生物有機化学
生物化学
微生物生理学
食品栄養学
食品機能化学
根圏制御学
応用分子微生物学
環境生命地球化学
「化学」の手法で、土・食物・動物・微生物を徹底研究する 学際的な総合科学の世界が広がっています。
｢食｣｢健康｣｢エネルギー｣｢環境｣の4大テーマが 各研究室をモザイク状に結びつけ、学科全体の情報交換も活発です。」
https://www.agr.hokudai.ac.jp/s/bioscience-and-chemistry

私の印象としては、どの学科も生物、化学の知識を利用して、分子レベルの研究をし、学科の中でさらに様々な学問分野を内包しているので、大きな差はないのかなと思います。こっちに進んだからやりたいことができなかった、あっちの学科ではできたのに、といったことはないのではないかと思います。

学部や学科の名前は紛らわしいものが多く、悩みの原因になることもありますが、中身は大差がないということはしばしばあります。
大学を調べてみて、その大学のその学科の雰囲気などを見て、自分に合いそうだと思ったところを選んでもらえたらいいのかなと思います。

長文すみません。ぜひ頑張ってください！！！