あおんさんこんにちは。
担任の先生はあおんさんに期待していらっしゃるのでしょうね。

短いお話のなかで私が感じた部分から回答致します。
①先生は数3を取ってもらいたいのでしょう。ただ、先生のご意見はあくまでも参考意見です。（個人的には、ご自身の生徒の考えに対して「おかしい」などという教員は、自分の意向に沿わせようとする背景が見え隠れしているようで好みませんが。）
②物理は取るが数3は取らないということは別におかしくありません。受験科目で数3がなく物理のある学部・学科があるというのがその証拠でしょう。

一方で気になったのは、なぜあおんさんは数3を取らないのかという点です。生物と物理の選択と同様に、数3をとると他の授業選択に支障を来すなどの理由があるなら別ですが、学ぶ機会が得られるならば学んでおいたらいいのに…と思います。触れもせず終わってしまうのは少し勿体ないかな、と。数3を学ぶと、数2の内容が頭の中で整理されますし、数学に強くなると計算の多い物理1,2がより楽しくなると思います。

最終的にはあおんさんが決めることではありますが、数3を取る利点と取らない利点を比べてみてはいかがでしょうか。