こんにちは！現在理工学部の2年のものです。
お役に立てるかは分かりませんが、回答させていただきます。

私は高校のとき物理を選択しました。基本的に物理を選択している人は数3を選択する人が大半でした。

なぜ、物理をとる人は数３を選択するのでしょうか？
それは物理を学ぶ上で、数3で学ぶ知識が役に立つからです（微分積分などなど）。
また、物理を今後大学でも学ぶとなれば、高校物理以上に数3の知識は必須になります。（実際私も大学物理を勉強する際に数3の教科書を読み直したことが何度かありました）
大体物理を選択する人は大学でも学ぶ気持ちのある人が多いはずなので、この時点で物理を選択して数３をとらないのは珍しいかもしれないです。

担任の方はこのような背景があるから、あおんさんに数３をとることを進めたのではないでしょうか。
ただ、あおんさんは薬学部志望ということですから、絶対に数３をとらなくてはいけない、というわけではないと思います。
物理が好きなのであれば、全然大丈夫だと思います！

少しでも参考になれば幸いです。頑張ってください。