りっちょろさん、こんばんは。
私は東京農工大学に通う者です。
ただ、工学部生命工学科なので、りっちょろさんの希望する学科の人間ではありませんが、わかる範囲で農工大について回答したいと思います。

どちらの大学を選ぶかというのは、自分のしたい研究がどちらの大学で出来るかということにかかっていると私は考えています。
確かに高いレベルの大学を目指しておくことに間違いはありません。でもレベルが高い大学で本当に自分のしたい研究ができますか？レベルだけで考えているのであれば、そこを見直した方がいいと思います。
どちらでもしたい研究ができる、というのであればあとは自分がその大学に通っている姿を想像してどちらがしっくり来るか、とか、カリキュラムを見てどちらの大学の方が学びたい科目があるか、とか、自分が確実に受かる方を選ぶか浪人しても高い方に行くのか、とか。それは人それぞれだと思います。

それから、工学部と農学部についてですが、りっちょろさんはバイオ関係の中でも何をしたいのですか？

実は農工大、工学部と言ってもバリバリ機械を触っている大学ではありません。
生命工学科はどちらかというと理学部に近いのではないかと個人的には思っています。
迷わせてしまうかもしれませんが、よく質問として挙げられるし私も疑問に思っていたので軽く応用生物科学科と生命工学科の違いを説明させてください。

応用生物科学科は農学部というだけあって、農業の方からバイオを攻めていきます。農業史や植物の病気、虫の病気、微生物について、環境問題について、食品開発について、などを学んでいるそうです。

一方生命工学科は一般的に生体内の化学反応からバイオを攻めます。どちらかというと化学が多い感じです。工学部なのにモノを作ったり、機械をいじったりはあまりしていないイメージです。

りっちょろさんには悔いのない進路選択をしてほしいので、新しい情報を入れてしまいましたが、タメになっていると嬉しいです。

自分のしたい研究ができる、りっちょろさんに合う大学に進学できますように。
応援しています。