こんにちは！

工学部の化学系生物系は生物でも受験ができるか
→大学によりますが出来るところが多いと思います。物化生の中から二つを選んで受験するところ、一つだけで受験するところがあると思うので自分の行きたい大学はどのパターンか調べてみてください。

文理、物理生物のどちらが良いか
→どちらがよいとかはないので、自分の好きな方、興味がある方を選択しましょう。今の時点でどちらが得意か(点数が高いか)で選ぶよりも、勉強していて楽しい、もっと知りたいと思う方を選ぶべきだと思います。
あと、数Ⅲはかなり難しいのでそれなりの覚悟が必要かと思います。自分にできるのかどうか、そこまで卑屈なりすぎる必要もないと思います。が、数学の計算が得意だったり簡単な問題を沢山解いてどんどん丸付けをするのが楽しい！というのであればじっくり考えて時間をかけて論理的に考える必要のある数Ⅲをとるのは危険かなと思います。文系でも数学が得意であれば数Ⅱまでの知識を使えるとかなり有利になると思うのでそちらの道に進むのもありだと思います。

進路選択は難しいと思いますが、しっかり考えて後悔のない選択をしてください！応援しています！