ももも35さん、初めまして。こんばんは！
私は現在大学3年生で、理工系の学科に通っています。
理科は物理と化学を選択していました。

最終的にはももも35さんが自分で決めることなので、参考程度に読んでくださると嬉しいです。
もし私がももも35さんのいうような状況にあったら、迷わずに物理を選択します。
それは、ももも35さんが言うように、生物選択では受けられないところがあるからです。
私も物理基礎の段階で物理に対して苦手意識を抱いていましたが、それでも点数が悪くてもそもそも受けられないというのよりはマシだろう......と思って物理を選択したタイプの人間です。
物理で点数が取れないなら他の科目でカバーしてやる！と意気込んでいました（笑）
正直、物理の方が点数が取りやすいというのは物理が大の苦手な私からすると「そんなことないやろ〜」と思いますが、生物が点数を取りにくいというのは事実なようです。
そのことを考えると、多少（だいぶ？）物理が苦手であったとしても、生物が大の得意！というわけでもない限り物理の方がお得な気もしますね。

大学に入ってから役に立つかどうかですが、ぶっちゃけどこの学部・学科に進学するかによります。
私は理工系に進学したので物理の勉強をしていた人の方が少しだけ有利な気がしましたが、医学科に進んだ友人は生物を勉強した人の方が最初の方は少し有利そうだったと話していました。
しかし、正直大学の授業が進むにつれて高校レベルの知識ではさっぱりついていけなくなるので、そこまで来たら何を選択していたかなんて関係ないなと思っています。

質問文中にあったことについて（ぐちゃぐちゃになってしまいましたが）回答してきました。
最後に、物理基礎の段階で苦手意識があっても頑張れるのか？ということについてお答えしたいと思います。

先ほど書いた通り、私も物理基礎の段階で内容がほとんど理解できていませんでした。
それでも物理を選択した私が授業についていけたかというと、答えはノーです。
授業中は先生の言っていることがほとんど理解できず（他の人はわかっていたようなので先生のせいではない）、毎日家に帰ってから教科書とノートを見返しつつどうにかこうにか自分が納得するように頑張って復習していました。
ポイントは、次の授業までに復習を終わらせることです。そうしないと、本当に次の授業が理解できない......
こうして私は大の苦手な物理と最後まで付き合うことができました。
選択してしまった以上どうしようもないこともありますし、苦手意識があっても頑張ることはできます。
ただ、苦手の程度にもよりますが、かなり努力しないと人並みに点が取れないこともあるのでそこは大変ですね。

まとまらない回答になってしまい、申し訳ありません......！
少しでも参考になればいいな、と思います。