うづまるさん、こんにちは☀
私はどちらの大学出身でもないですが、海洋学を専攻していたので、そちらの方面からアドバイスしますね。
JAMSTECを含め、もともと海洋学がやりたかった人たちは、主に東京海洋大学、北大水産学部、長崎大水産学部、三重大学生物資源学部出身の人が多いです(私大だと東海大学とか)。
理由は、大学独自に船(実習船or研究船)を持っているからです。
大学院からでよければ、東京大学大気海洋研究所出身者が圧倒的に多いです。
やはり海というのは行くのが大変ですから、独自に船を持っているというのは非常に有利です。
持ってないと、他大学に共同利用の申請をして、お金を払ってっとなってしまいますから。。。
うづまるさんの場合は最初から海洋生物を学びたいということですから、その条件から見ると東京海洋大の方がいいと思います。
ちなみに、東京海洋大学は必修科目で遠泳の授業があると聞きますから、泳げないと大変かもしれませんが(笑)

それから、将来JAMSTECに勤めたいとのことですが、研究職でっとなると博士号の学位を持ってないと基本的には入れません。
事務職でしたら学部卒でもいけますが。
海洋学で博士の学位を取るとなると、やはり東大の大気海洋研究所が一番多いですが、こちらは先ほども言ったように大学院生からしか入れません。
そのため、出身大学は(学部も)皆バラバラです。
東京海洋大卒業して海洋研に来る人も結構います。
ただ、農学系の学部を卒業してきた人もいれば、理学の地球惑星系の人もいますし、全然関係のない工学系出身の人もいます。
大学4年間いろいろと勉強をして、やっぱり海洋学をやりたくなったっというような人たちが来ています。

センター試験の点数次第という側面もあるかもしれませんが、このようなことも含めて志望大学を考えるといいと思います。
将来、ぜひ海洋の道を切り開いていくことを願っています(*^^*)