私も国公立の6年制の薬学部を目指していました。それは、資格が取れて将来が安定していると親に勧められて自分もなんとなくそっちの方がいいかなぁと思っていたからです。
でも自分は将来何をやりたいのか考えた時に、化粧品の開発がやりたいと気づき、化粧品の開発に進める学科を受験することに決めました。親には薬学部を受けるよう言われていたので、国公立は薬学部を目指して、他にも私立の薬学部をいくつか受けました。結果からすると、薬学部は全部落ちて、自分でちゃんと調べて行きたいと思ったところは全部受かりました。自分が本当に行きたいって思うところじゃないとやる気も出ないし、それで受かるほど受験は甘いものではないです。

4年制の薬学部と化学系の学科の違いは、簡単に言うと薬のことを主に勉強するか化学のことを主に勉強するかです。薬学部に行っても化学を勉強するのはもちろんですが、化学科の化学とは深さが違います。
薬学部にいくと、ほとんどが薬関係の就職になります。まだやりたいことが決まっていないなら化学系の学科に行った方が将来が広がると思います。化学科に行っても薬の研究をしている教授もいますし、薬関係の研究職に就くこともできます。化学系の学科に進んでも大学院に行かずに文系就職する人も結構います。

薬剤師になるには薬学部に行かなければなれないので、6年制の薬学部に行くか化学系の学科に行くかは大きな違いがあると思いますが、4年制の薬学部に行くか化学科に行くかはそこまでの違いはないと思います。製薬会社の研究職に就くにはどちらがいいかという違いもあまりないと思います。(最近は薬のことばかりを勉強している薬学部より、化学全般を学んでいる化学科や応用化学科の方が製薬会社に求められているという話は聞いたことありますが)

例えば、千葉大学の薬学部は4年制と6年制に分かれるのが3年生からなので、2年間じっくり考える猶予があると思います。

今、私は応用化学科に通っていますが、将来自分がやりたいことができるのかという不安はありますし、薬剤師の資格を持っていた方が未来は明るかったのかなとか思ったりもします。毎週ある実験のレポートはものすごい量で大変ですし徹夜も多いけれど、大好きな化学を学ぶのはすごく楽しくて応用化学科に進学して後悔はしていません！

長くなりましたが、参考にしていただければ嬉しいです。