桜桃さん、はじめまして、こんにちは！

早いうちから進路について調べていて、本当に素晴らしいですね！
私は環境系の大学院生ですが、学部時代、機械工学科でした。その経験からお答えしたいと思います。

私は医工系の研究に進んでいないのでどちらがおすすめとは言い難いのですが、オープンキャンパスに行って実際に研究などを目で見て学びたいと思った方、つまりご自身の希望が一番重要だと思います(^^)
とはいえ、実際に学んでみないとわからなかったり、学んでから希望も変わることもあるでしょう。機械系か、医工系どちらにも興味があって大学入学まで決められない場合、どちらも学べる大学に進学することをお勧めします。私の所属していた機械工学科では3年次に機械系の研究室にも医工系の研究室にも選べるようになっていました。医工系の研究室に進んだ人の中には研究しているうちに医学にも興味を持ち、医学部に編入する人や、医工とは全く関係なく機械系のメーカーに就職する人もいるそうです。機械系/医工系の学生ですと、大学院に行く場合も考えられますので、そこで機械系→医工系、又は医工系→機械系に転向することも遠回りにはなりますが、可能です。
少しでも参考になれば幸いです。