う～～ん・・・
実際理系に転向するというのは難しいことなんです。だから，進路のあいまいな生徒には念のためあとで文転しやすい理系を選ばせるんですよね。理系の方がどうしたって，受験に必要な科目数も多くなる傾向にあるし，高校の先生としては，浪人しかねない方針にはしたくないのが実際です。
自分で理系に転向してやっていける自信があり，どうしても医学部にすすみたいのであれば，親を巻き込んで先生を説得するか，もしくはこれも親御さんに要相談ですが，浪人する覚悟を告げる，ですね。当人中に医学部志望の生徒が通う予備校があるので，そこで足りない知識は補う，ということです。
特に，ただの理系転向よりも医学部志望となるとだいぶ難しいと思います。その覚悟があるなら，浪人する覚悟も必要だと思います。
受験に失敗しての浪人ではなく，理系転向して医学部に合格するための浪人，と考えてください。

もう一つの手としては，高校側が理系転向に同意してくれなければ，独学で家庭学習する，ということです。これはなかなか厳しいですが，医学部以外であればたまに聞く話です。独学で物理だけやって，理系受験する，というようなことです。

どれにしてもすでに文系にすすんできて高校２年生も終わりに差し掛かってきているので，２年間分の理系の勉強を取り返さなければならないということは相当つらいことであると考えてください。

まずは，上記のことを踏まえて保護者の方と話をしてみてください。なにかほかの手立てもあるかもしれません。