薬学部は基本的に薬剤師になるための学部ですよね（6年の方）。で，製薬会社の研究開発の方ですが，実際は薬剤師であることよりも，博士など大学院卒であることの方が重要のようです。ですので，研究開発（新薬の）職に就きたければ薬剤師になるよりも，薬学部であろうが理工学部であろうが博士号を持っていることが有利，というか必要条件です。
また，製薬会社で薬剤師の免許を持っていることに対してお給料が普通の無資格の職員と比べるとどうかというと，企業差はありますが，そんなに変わらない，ということです。むしろ製薬会社ではMRの方が断然稼いでいます。仕事は超きついですが。
ですので，薬剤師の免許がとりたいのであれば，薬学部6年，薬剤師の免許はいらないが，新薬開発の仕事をしたいと思えば薬学部でなくてもいい，という感じです。
ただ，新薬の開発に就けるのはほんとうに一握りの人間だけです。そのへんを天秤にかけて考えてみてください。