じぶんがどちらにより興味があるか，ずっと続けられるか，が大切だと思います。

また，薬学部である場合は，専門が「化学」になります。というか，薬剤師になるために，薬学部でしっかりとやってゆくには化学にどっぷりとつかりますし，化学が好きでないとやってゆけません。
農学部の場合は化学よりも生物が主体となってきます。とくにバイオぶんやなので，なおさら生物寄りですね。
ですので，生物と化学，どちらが好きか，続けてゆけそうか，にもよります。

就職で考えると，薬学（６年制）を出た場合はやはり薬剤師として働きたいですが，もちろん，製薬などの研究にもつけると思います。農学の場合はそれこそ薬学よりもさまざまな職種が考えれらると思います。

などなど，いろいろ考えてみてください。まずは生物か化学か，というところですね。