物理選択でも大丈夫だと思いますよ、とにかく合格することを目的とするなら、得意科目を選べば良いと思います。
ただし、受験する大学(併願校も含めて)の受験科目はやはりよくリサーチしておくべきですね。

他にも物理選択で農学部に入ってくる学生はいるでしょうし、逆に大学に入ってから物理の授業があれば生物選択の人は物理を1からやることになりますからね。

ただ、一つ言えるのは物理は簡単なのですぐに生物選択の人は追いついてくるでしょう。また、生物は入試問題がバラエティに富んでいて覚える事も多いので、物理選択の人が生物選択の人に追いつくには時間がかかるのではないかと思います。

合格が決まってから大学で授業が始まるまで時間があるはずなので、物理選択で入学するのであれば、その期間に少しでも勉強(教科書を読むだけでも効果あると思います)しておくと、大学に入ってから楽になれると思います。