工学部卒業で馬関係の仕事をされてるというのは遭遇したことがないのですが、もしかすると大学に行ってから新しいやりたいことが出てくるかもしれないですね。

そうえいば私は工学部だったのですが同じクラスで途中で退学して獣医学部を受験しなおして獣医になった同級生がいました。

まず現実的にできることやってみたいことから入ってみて、職業はじっくり考えられてもよいのではないでしょうか。

また土木系の就職が女子が不利というのも聞いたことがありません。むしろ土木を選考されててもその方面に就職しない女性が多いというのはあるように思います。女子を採用で不利にする理由があるとすればそれは職種うんうんではなくてその会社の方針とかなのでしょうから学部選びの段階で気にされることはないのではないかと思います。

umaさん、こんにちは。
私も小学生の時にポニー乗馬を始め、高校～大学2年まで馬術部に籍をおいていましたので、umaさんの「馬に関わる職業に就きたい」という気持ち、よくわかります。
(現職はシステムエンジニアですが・・・)
少し調べてみましたので、参考にして下さい。

まず、1つ目のご質問「工学系で馬に関わる職業」ですが、私の知っている限りでは以下の3つです。

①JRAの技術職：　全国の関連施設の維持管理、工事の設計監理業務(umaさんが書いていらしたもの)
　http://jra-saiyou.jp/2012/type/tech.html
②JRAのシステム子会社：　馬券のシステム開発やJRAホームページなどの運営
　http://job.rikunabi.com/2011/company/top/r988500030/
③競馬のゴール判定撮影：　着順判定写真撮影やターフビジョンの撮影
　https://job.rikunabi.com/2012/company/top/r530700073/

2つ目に「工学系（特に土木系）は女性の就職が難しい」という点ですが、これはJRAに関してでしょうか？
もしJRAに関してということであれば、採用人数がわずかですので、応募人数に対する採用人数の割合で述べれば女性は採用されにくいということになってしまうと思います。(応募人数は男性の方が多いので)
実際に女性の就職が難しいといったことがあるのかどうかはわかりません。ごめんなさい。

3つ目の「JRAに技術職として就職するにはどのような勉強をすればよいか？」についてですが、まずは一般的な採用試験のための勉強が必要です。
書類選考や筆記試験を通過するだけでも大変ですので、一般常識や採用試験用の勉強をする必要があると思います。これは本屋さんに行けばたくさん書籍があるのでそちらを参考にして下さい。

また、Googleなどの検索サイトで「JRA　採用試験」などのキーワードで検索しても色々な情報が得られると思いますので試してみてください。
総合職の試験の難しさについてはこのような↓体験談がネット上にありました。
http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1310983873

もし、工学系に限定しないのであればJRAの総合職・事務職や、競馬雑誌や競馬新聞の編集者を目指すのもよいと思います。全学部全学科で募集をしている職業もあるので、そちらも検討してみてください。
また、直接馬に関わる方がよいのであれば乗馬クラブのインストラクターという道もあります。
選考にとらわれず、ご自分のやりたいことができる道を模索してみてください。
応援しています。