tsunaさん

こんにちは！　薬学部の出身ではありませんが、知っている範囲でお答えしますね。
薬学部の６年制というのは薬剤師さんを養成するのが第一の目標なので、おのずと薬剤師さんを養成するためのカリキュラムでほとんどの人が薬剤師になるのを前提にしていると思います。なんといっても資格をとれるのが魅力ではないでしょうか。ただし、薬剤師というお仕事に興味がないのならば、４年制に進んで研究活動をしっかりすればいいと思います。研究をするといった意味では４年制の方がいいと思います。ただし、データをみると４年制を卒業して製薬会社に入れる人は１割くらいのようです（職種は色々です。営業などもあります）。また、4年制の場合多くの人が、大学院に進学しているという事実もあります。データがありますので、少しみてみてください。
http://www.yaku-kyou.org/About_council/issue/job_for_pharmacy_school_graduats/distribution_of_working_area/job_research_in_2012.pdf

また、行きたい大学の就職先などをみてみるといいと思いますよ。
こんなサイトも参考にしてみてください。
http://yakkei.com/syushokujoho/shinro.html

がんばってくださいね！