こんにちは！

歴史が浅い大学だと就職に不利、というイメージは、先輩が少ない分、企業側も実績がわからず採用を警戒するかも知れない…というイメージから来てしまっていると推察されます。
一方、大学が新しい学部学科を新設する理由は、社会のニーズに合わせてのことです。
なので新しい学部学科はむしろ時代に必要とされている学部学科であるとも考えられます。

もし歴史が浅い学部学科を希望するのなら、それが、どのような社会ニーズに合わせようとしているのか、そのニーズに自分はハマりそうか(興味があるか)、を確認するのが良いと思います。
ハマりそうだと感じられれば、先輩がいない会社にだって「私はこれがやりたい」とアピールできるわけで、むしろ企業側は、そのようなやる気のある人材を求めているのが実状に思います。

歴史が浅い事を不安に思う必要は、ないと思いますよ！