いちごきゃんでぃさん

回答が遅くなってごめんなさい。
私の知り合いが経営工学科だったので、少しわかる範囲で回答しますね。ちなみに彼は、経営工学科を卒業後、外資系の証券会社へ入り、その後、M&A関連の企業（企業の買収や合併をコンサルタントする会社）へ転職するなど、いわゆる文系の道に進んでいます。

経営工学は、例えば、工場などでロスを少なくするために生産をするためにはどう工夫すればいいのか、または、商品を世の中に知らしめるには、または流通させるにはどういった工夫が必要かを数学的に検証するみたいなことをする学問かなと思っています。直感的に、企業や工場をなどを経営するのではなくて、数学・科学的に分析したり予測したりすることで、最適な経営をサポートするといった感じでしょうか？　大学のシラバスなどをみるとちょっとイメージができると思いますよ。
ちなみに、筑波大学のシラバスはこちらです。
http://www.sk.tsukuba.ac.jp/College/syllabus/2013/ms/index.html#m_1

経済学部は、意外と数学だと聞いたことがあります。今後、経済がどうなるのかを予測したりするのは、微分の世界です。
秘書ってどういうイメージですか？　役員付きのなんでもアシスタントするような人のことでしょうか？それとも総合職で、役員をがっつりサポートする（もしくは動かしているような）人のことでしょうか。前者の場合はむしろ語学などができた方がいいような。どちらにしろ経済学部であることが必須ではないように思います。経済学部の卒業生は圧倒的に、金融や商社が多いと思います。　　

いずれにせよ、こういった関係にご興味があるようですから、受検科目が同じような感じでしたら、どちらも受験するとかもアリだと思いますよ。

頑張ってください！