薬学女子になりたいさん、こんにちは！では現役薬学部生（と言っても院生ですが…）がお伝えしたいと思います。
化学系薬学は、薬学の中でも化学に重点を置いた部分になります。たとえば、高校化学で勉強する「構造式」。医薬品の成分はそれぞれ固有の構造式を持っていてその構造の違いが薬の作用の違いにつながっています。つまり似た作用の薬は似た構造をしています。化学系薬学の演習によって医薬品合成の基礎を学べるわけです。構造だけでなくpH計算や熱力学などを駆使して医薬品の安定性について学ぶなど、「薬学に使える化学の演習」と言えば分りやすいでしょうか？
一方医療系薬学は、「現場で使う薬学」と表現できます。どういうことかというと、たとえば二種類の点滴を使いたいとき、それを同じ点滴チューブを通していいか・ある特定の食べ物と医薬品を摂取した時薬が効きすぎたり弱まったりするのはなぜは…例を挙げたらきりがありませんがこうしたものです。ただ、医療系薬学の根元には化学系・物理系・生物系薬学があります。なので「化学系薬学=基礎薬学、医療系薬学=現場薬学」という理解でもいいかもしれないですね。