こんばんは。
製薬企業で新薬開発（モニター職）をしていますので、お答えさせて頂きますね。

私は私大の生物系卒で、大学院は国立大の生物系に進学し、修士2年を修了して製薬企業の開発職に就職しました。
みずきさんの言うように、開発職は理系の修士卒が条件の企業がほとんどですので、薬剤師の国家資格は必要ありません。ただ入社に有利か不利かと言われれば、薬学部卒の方が有利かなと思います。
薬の開発に携わる基礎知識の厚みは薬学部卒の方が強いですし、就活時の情報も充実しています。すでに薬に関係する仕事をしたいとお考えなのであれば、薬学部は良いと思います。
就職については私の会社の場合は薬学部卒50%、それ以外の理系卒50%程度です。ちなみに、就活のときに薬学部しか受けられない企業というのは無かったと思います。
入社してからは、知識の部分で最初は薬学卒の方が有利ですが、本人の努力次第ですし、寧ろ社会人になって学ぶ事の方が圧倒的に多いですので、大した違いでは無いというのが私の印象です。



私は薬学卒では無いので私大と国立大のカリキュラムの違いは分かりませんが、多くの薬学部卒の友人から感じていることととしては、私大の薬卒は大学院進学よりも薬局・病院などの薬剤師として勤める人の割合が高く、国立の薬卒はそれと比較して進学し、開発職・研究職へ進む人の割合があがる様に思います。

今は少しまだ難しいかもしれませんが、どこの大学かということに加えて、どんな研究をしているのかも見ておくと自分の興味を持つことをしているかどうかも見えますよ。