ブー子３さん

こんにちは！　回答が遅くなってごめんなさいね。
う～ん悩ましいですね。
信州大学の繊維学部は我が国にで唯一残った「繊維学部」のようですね。伝統もありますし、、。それに価値を感じたりはしませんか？（しないか。。。）。農学部と比べるとやや工学部よりのようなイメージはしています。ただ、ネット情報ですみませんが、そうはいっても今は農学部とあまり変わらない研究をしてみるみたいです。
それぞれの研究室紹介をみてみて、気に入った研究室があるかどうかで決めるとかはどうでしょうか。結局最後は、学部学科というより研究室で、何をやりたいかになりますので。

また、それぞれの卒業生の進路は以下のページにあります。
農学部は全学科共通なので、一概に比較はできませんが、農学部の方が食品系の就職は多いような気はします。

農学部応用生物科学学科
http://www.shinshu-u.ac.jp/faculty/agriculture/prospective/course.html

繊維学部応用生物学科系　卒業生進路
http://www.shinshu-u.ac.jp/faculty/textiles/course/

あとは、実際に行ってみて雰囲気で決めるという手もあるかも。雰囲気なども、好き嫌いもあるかもしれませんね。キャンパスに行ってピーンと来ることもあるかも。可能ならば足を運んでみるといいのではないでしょうか？

高校３年生で勉強など大変でしょうが、がんばってくださいね。