chamchamさん、こんにちは。
金沢大学薬学類の香野ひよりです＾＾

残念ながら私は薬学しかあまり知らなくて、農学部については詳しくないのですが、わかる範囲でお答えしますね！
（違うことがありましたら申し訳ないです。農学部の方、補足訂正お願いします……）

まず、考え方としては大学で何を勉強したいか、だと思います。
製薬の研究職を目指すのであれば、確かにどちらでも構わないと思います。
しかし、おそらく研究職ならば最低修士でなければ難しいでしょうから、大学院へ進学する必要があると思います。
となると、6年間何を勉強したいかが重要になってきます。

薬学部の勉強、または研究は人を中心に見たものだと思います。それに対して農学部ならば間違いなくほかの家畜や植物についても勉強することでしょう。
こちらではほぼヒト、もしくはヒトを理解するために必要な下級生物（菌やハエなど）が登場する授業が基本でした。
また、薬学はとっても広くいろんなことを勉強します。広く、一部深く、あとはそこそこ浅く。
中心にこれからヒトを治療するんだ！というものがあるなーと感じられる授業が多かったです。
あとは化学が大事ですが、これは農学ではどれほどやっているのかわからないので、なんとも言えません……

研究の面でもやはり「生物」に着目しているか、それとも「ヒト」に着目しているのかは違います。
マラリアの研究ひとつとっても、生物系では「マラリアをヒトに感染させることは蚊にどんな影響を与えるか」なのに対し、薬学系では「マラリアに感染することがヒトにどんな症状をもたらすか」です。
つまり、主役がハマダラカかヒトかの違いがあると思うのです。

どちらに興味があるかで選択するという手段もあるでしょう。
薬学の学費は高いですから。
（ちなみに国公立は考えないのでしょうか？研究ならば国立のほうが有利な部分が多いと思いますが……