ゆうきさん自身がどちらを勉強したいのか？
これが決め手になると思いますよ。

私だったら・・・
勉強していて違和感を感じない方を選びます。

教科書を読んでいて理論がスッと頭に入ってきたり、
問題集を解いていても自然に答えを導くことができたり。

勉強していて楽なものは長続きすると思いますよ。

授業内容は確かに似ていると思います。
私が居た学科も「物質生命工学科」ということで、コース分けすると応用化学と生命工学だったんです。授業は1、２年の時はほとんど一緒。

ですが、３年生からの実験や、４年生になって研究室に配属されると全く違う事をやる事になります。ですので、それぞれの研究室が何をやっているかをしっかり把握してください。そして、自分のより興味のある方へ進んだらよいと思います。
研究室が何をやっているかをしるには、それぞれの教授たちの専門をホームページなど絵確認するとよいですよ。