私は製薬会社に勤務していて、afusakaさんの志望する食品とは違うのですが
就活の反省と、自分の社会人経験をもとに回答させていただきます。

まず就職するにあたり、自分の志望業界や職務内容をよく調べて下さい。
いわゆる業界研究といわれるものです。

「OB訪問」という言葉を聞いたことはありますか？
大学の就職科、もしくは先生の紹介で、実際に働いてる卒業生を訪ね
どんな仕事をしているのか話を聞くというものです。

食品化学も勉強されているとのことなので、卒業生に食品業界の方はいませんか？
是非、その方がどのような仕事をしているか、
他にどのような仕事があり会社が経営されているのか、聞いてみてください。

次に、afusakaさんがどんな仕事をしたいかを、具体的に考えて下さい。
大概の学生は業界研究が浅く、この時点で面接にすら進めません。

実際のエントリーシートや面接では
・たくさんの会社がある中で、何故この業界を志望しましたか？
・何故この会社を選びましたか？
・あなたが会社に入って何をしたいですか（どのような仕事をしたいか）？
・あなたは、どのような事で会社に貢献できますか？
と、仕事内容を把握していないと答えられないことを聞かれます。
OB訪問が無理そうなら、友人知人に紹介してもらうとか、ネットで調べるでもいいです。

資格についてですが、ぶっちゃけてしまえば無くても構いません。
営業職だと入社までに運転免許を取得することだったり
一部の大手企業だとTOEIC650点以上がエントリーする条件だったりとありますので
気になる会社があるのなら、ホームページ等で調べてみてはいかがでしょうか？

資格は「持っていれば就職できる魔法のアイテム」ではありません、
例えば医師免許のように、資格が無いと就けない職業もありますが
afusakaさんのいう資格は医師免許の類ではありませんよね？

それに実務経験が必要とされる資格もあります、
この場合は働きながら受験勉強をして、資格取得を目指します。

社会人の常識を知らないと面接にこぎつけられないので
秘書検定3級の参考書は見ておいたほうがいいと思います。

知識についてですが、学問と仕事は全く別のものです。
たとえ、6年生薬学部を出て薬剤師免許をとって、製薬会社に勤めた場合でも。
仕事は会社に入った後、一つ一つ覚えて下さいね。

昨年、少しの間ですが新入社員をサポートしたことがあります。
学生気分が抜けきらず、納期の厳しさを身をもって体験してがんばってくれましたが
残念ながら使える代物ではなく、私が自分の仕事が終わった後にやり直しました。

まずは単位を落とさないようにして下さいね、
そして世の中にある仕事について、よく調べて下さい。
分からないなら、知っている人に聞いてくださいね。