mrotumさん、はじめまして。

まず始めに結論から言いますね。
目標を変える必要はありません、興味をお持ちの応用化学科に進みましょう。
mrotumさんは化学が苦手ではありません、
素養はあるのにつまずいてしまったんですね。

「２年にあがった時から化学が苦手になり」とありますが、
１年生の化学は点数がとれていたんですよね？
だがしかし、２年生になってから点数が取れなくなったと。
その理由は
「暗記ばかりでなぜこうなるのかという原理を教えてもらえずもやもやしてしまい」
ご自身でここまで分析が出来ているんですね。

そして、悩みの核心部分は次の一言に書いてあります
「暗記に手が付かないことだと思います・・」

実は、化学（を含む科学全般）は暗記科目ではありません、
原理原則を限界まで突き詰める学問なんです。
もっと言えば、社会や国語ですら暗記科目ではありません
原因があって、理由があるから、結果にたどり着くんです。

２年生になると加速度的に難易度が上がり、分量も多くなるので
原理原則が理解できていないと、点数が出せなくなりますね。
「教えてもらえずに」とありますが、学校の先生には聞きに行きましたか？
授業中だと色々厳しいと思いますが、放課後等はどうでしょうか？
予備校の先生でもいいですから、納得するまで説明してくれる先生を探しましょう。

すでに来年の入試まで１年間を切っています、この状況で何をするべきかですが、
とにかく基礎固めです。
２年分の教科書を１ページからやり直しましょう。
復習して、理解できていない分野を洗い出してください。

次に、理解できていない分野を集中的に勉強しましょう。
参考書を使うのであれば、問題を解くことよりも、解説をよく読んで下さい。
解説にはどのような法則を使ったと記載があるはずです。

基礎固めですが、コツコツ勉強しても成績として表れるのには３ヶ月かかります。
６月くらいに学力テストを受けて、１・２年の復習が出来ているかどうか判断しましょう。
基礎が出来ていないと、夏休みにどれだけ猛勉強しても点数が取れないんです。

化学以外の科目も上記の方法で勉強して、まずは基礎固めをして下さい。
現役で合格した人たちの共通点は、
「苦手分野を受験会場に持っていかなかった」ことです。
基礎が出来たら、次は赤本やセンター対策をしましょう。