研究職に就くのは修士が最低条件、というところまでは一般的な事実です。
本格的に研究をするのは大学院からなので、研究をしたことがない人を研究職に採用するのは無理があります。
修士には進学しなければならないでしょう。

一方、個別の大学ごとに企業の選考基準を満たすかどうかという話も出てきますが、慶應義塾大学薬学部の開設が2008年とのことなので、慶應薬学部出身で慶應の薬学研究科に進学し修士課程を修了して就職した人がまだいません。
これから結果が出てきます。

理工学部→理工学研究科は、そもそも製薬会社に行くようなルートではないようです。
http://www.st.keio.ac.jp/candidates/cource.html

soccergirl さんが大学院受験をするまでには時間がありますから、
慶應薬学部→慶應薬学研究科のルートでの結果を見て、大学院受験先 (慶應か東大か) を考えることになると思います。

soccergirl さんが調べてきた研究室のテーマを読んだ感じとしては、これは製薬会社の研究職で就職しているように思います。
ただ、理工学部で製薬会社にいけるような研究室 (分野) は限られているので、入学時点から配属になる研究室をほぼ決めて入ることになります。

私が知っている例でも、高校生のうちから研究室まで決めて受験してきている人はいました。

薬学部の場合には、入学後に授業を受けながらどの分野に進みたいかを考えてから、研究室を選ぶことになります。

やりたいテーマが進学前に決められるかどうか、です。