こんにちは．お茶の水女子大学の生物学科に通う者です．

植物には他の生物，特に虫との相互関係があるので，環境系の研究なら，植物と虫を近くで共存させたらどうなるか，とか，実験する必要が出てくるかもしれません．ただ，植物系の研究の中には，植物だけを実験に使う研究もあります．
まず知ってほしいのは，植物の研究にはいろいろあるということです．例えば，植物の細胞を培養する研究ならば，虫を使う機会はない気がします．

バイオ系に入った以上，大学で絶対に虫に触れずに済むという保証はできませんが，なるべく避けることはできると思います．

興味のある大学のホームページを見て，植物系，環境系の研究室を探し，その研究室でどのような研究をしているか見てみて下さい．植物だけを扱っている研究室もあれば，植物と虫の関係を調べる研究室もあります．

私は生物学科ですが，生物学科の中にも，植物は好きなんだけど虫は苦手，という人がいます．私の学科では必修の実験でハエをいじらなければいけないので虫嫌いの人にとってはつらいと思いますが，大学によっては，虫を扱う実習が必修科目にない所もあるかもしれません．必修だと避けようがありませんから，必修の実習に虫を扱う実験がない大学を探すのは一つの手です．大学の必修科目について情報が得られるかはわかりませんが，調べてみるといいと思います．

確かに植物には虫が関わってきますから，植物系の人が虫とふれあうことにはメリットがありますが，だからといって，虫が苦手でも関わらなければならないということはなく，虫が苦手なら，なるべく関わらないような科目選び，研究選びをしていけばいいと，私は思います．私も生物学科でありながら苦手な動物がいます．生物を学ぶなら苦手な動物も克服しよう，と試みましたがだめでした(笑). でも生物学は好きだから，生物学科に入りました．苦手な動物に関わる実験さえしなければ問題ないですからね．
(余談ですが，生物学科の人について，生物が大好きな人というイメージを持たれることが多いのですが，そうとは限りません．私は生物そのものよりも，生物学が好きなタイプです．)

植物，環境に興味があるという気持ちが一番大切です．植物や環境の研究全てに虫がつきもの，というわけではないはずですから，本当に植物，環境に興味があるならば，虫を避けるためにその分野をあきらめるよりも，その分野に進むことを考えてみてはいかがでしょうか．虫を使わなくても植物を研究する方法は探せば見つかると思います．

長くなりましたが，良かったら参考にしてみて下さい．