rina_junloveさんこんにちは。
この春就職活動を終えた大学院生です。
私自身は薬学部でも化粧品関連会社の内定者でもありませんが
就職活動中は化粧品会社の選考にも数社参加していたのでお答えいたします。

結論から言うと、わたしの参加した全ての選考に
六年制薬学部の方はある程度いらっしゃいました。
ある企業では最終面接でもお会いしたので
もしかしたら内定している方もいらっしゃるかもしれません。
(その企業に入社予定ではないので、はっきりとしたことは分かりません。)
面接で感じたのは、六年制薬学部の方は他の学部や四年生薬学部(＋院)にはない
「どうして資格があるのに薬剤師をやらないの？」という質問をされていることが多かったです。
この質問を上手く切り返せないと、厳しいかもしれません。
ですのでrina_junloveさんがもし六年制薬学部を卒業して化粧品会社に就職したいのなら
「なぜ化粧品会社がいいのか、そこで何をしたいのか」だけでなく
「どうして化学系や四年生の薬学部ではなく、六年制を選択したのか」も
自分の言葉で伝えられるようになると良いのかもしれません。

なんだか曖昧な回答でごめんなさい。
参考になれば嬉しいです。