うみさんこんにちは。
私はどちらの大学出身でもないですが、両方の大学に行った事があるのでわかる範囲でお答えしますね。
研究や就職は研究室次第（先生次第）な部分もありますが、ざっくりと。

＜北大＞
勢いがあって、お酒に強いイメージです。
北大の農学部は、第一志望で入学してくる子が多く、皆「北大農学部」であることにとても誇りを持っているように思います。
よって、縦のつながりも横のつながりも強いです。
卒業論文の発表会の後には農学部全体での盛大な打ち上げがあるようです。
女の子でも恵迪寮に住んでいる子が多いような気が。
キャンパスの広さ美しさ、冬の厳しさはご存知ですよね。
就職活動は、交通費が大変そうです。

＜農工大＞
自宅から通学する女の子が多く、おしゃれで真面目なイメージです。
他の国立大学と比べて先生あたりの学生の数が多いような気がしますが、
講義や研究指導など、とても面倒見が良いように思います。
キャンパスの中は結構自然があり、サークル活動も意外と盛んそうでした。
就職活動は、東京なので便利だと思います。


どうしても北大の方がアクが強いので北大についてのコメントが多いですが、
どちらが良いかは人それぞれです。
北海道は遠いですが、悩むようであれば一度オープンキャンパスなど行ってみてください。

その前後のレベルだと、名古屋大、筑波大、九州大あたりでしょうか。

あとは、製薬、化粧品を考えているのであれば、農学部よりも薬学部や理学部工学部の方が有利になることもあるかもしれません。

とりあえず、ざっくりと、こんな感じです。