こんにちは！

希望の学部学科の受験科目に物理が入ってて、それで合格したのなら、入学後の不利とか有利とかは一切ありませんよ。
大学側が設定した「ウチで学ぶために達成しておいて欲しいレベル」をクリアしたわけですから、合格してしまえばスタートは一緒です。
大学の勉強って、生命化学科に限りませんが、レベルをクリアした以上は、あとはいかにその学問に興味を持ち好奇心を持って調べ物をしたり実験をしたりできるか、で差が出るだけですから。

ただ、生命化学科を持っている大学の選択肢が、生物と物理では異なってくる可能性があります。物理受験だと選択肢がかなり減る可能性がある、という意味です。
なので、どんな大学に生命化学科があってどんな受験科目なのか、は、一応知っておいた上で、物理か生物かを決めるのが良いように思いました。