キサントフィルルさんこんにちは。
農芸化学専攻の大学院生です。
将来についてとてもしっかり考えておられるようですね^^
わたしの卒業した学部は農学部ではないのですが
やっていることは農学部と同じでしたのでお答えさせていただきます。

まず、おっしゃる通り農学部でも分子生物学を学ぶことは可能です。
わたし自身も学部・院ともに分子生物学は必修科目でした。
ただ、「就きたい職に直接結びつく勉強や研究ができる」というのは
正直なところ「学部で卒業してしまうなら農学も生命環境学も大差ない」と思います。
理系といえど１、２年生は一般教養を履修する大学が多いため
本格的な研究が出来るのは長くても１年半になってしまうからです。
（その間就職活動等ありますので、研究期間は実質１年ないと思った方が良いです）
ですので「研究」に重点を置くのであれば、院の進学も視野に入れてみてくださいね！
研究内容も農学と生物環境学は重複する部分が多いので
自分のやりたい研究をやっている研究室がある学校を選ぶと良いと思います。

就職先ですが、わたしの通っていた学部では
学部で卒業する方は多くが事務職や営業職に就職しています。
なぜなら研究開発職等の多くの技術職は
応募資格が「院または６年制学士卒」となっていることが多いからです。
ただ品質管理や検査業務、製品開発等に就職する方も（少ないですが）一定数います。
院を卒業すると食品メーカー、製薬メーカー、化粧品メーカーの技術職や
SE、MR、技術系公務員などになる人が多いです。
農芸化学専攻からはあまりいませんが
農学部全体からですと、農協や種苗会社へ就職する方もいます。

受験も近づき、頭が混乱してしまっているかもしれませんが
正直に申し上げますと、大学は学部によって学べる学問が明確に分かれている訳ではありません。
同じ学問でも多くの学部で学べることが多いです。
(例えば分子生物学なら理学部、農学部、工学部、薬学部、医学部　などなど…)
ですので、あまり悩みすぎず
学校の雰囲気ややりたい研究、先輩方のお話、学費や場所など
色々な情報から総合的に判断してくださいね！！応援しています。