t.fさんこんにちは。
千葉大学園芸学部応用生命化学科を卒業し、大学院に進学した者です。
製薬メーカーに内定をいただいており、来春からは研究開発職として勤務予定です。

まず、製薬会社の研究職はそのほとんどが応募資格を
「院卒もしくは6年制薬・獣医学部卒」と限定しています。
なのでt.fさんの希望が「製薬会社の研究職」なのであれば
院への進学はおそらく必須になります。

そして製薬会社の研究職への有利不利についてはこちら↓
http://www.rikejo.jp/faq/info/thread_id/1858
の質問でもお答えしていますが
私は四年生薬学部→院進学の経歴が有利だと感じています。
なぜなら、大学で行う研究内容が企業とマッチングしていたり
大学で使用している技術がそのまま就職しても使用できる確率が高いからです。
もちろん薬学部に進学しても就職が有利になるだけであって
必ずしも製薬会社から内定をいただける訳ではありませんし
現に私のように農学部から製薬会社に就職されている先輩もたくさんいます。
岐阜大学の事は分かりかねますが
千葉大学園芸学部応用生命化学科から製薬会社の研究職に就職される方も一定数います。

ただやはり製薬会社の研究職そのものが狭き門であり
たくさんの優秀な方と戦わなければならないことは覚悟しなければならないと思います。
(私は就活中に何度も心が折れそうになりました；；)
でも、諦めずに夢を追いつづければ、必ず道は拓けてきます。

それでは。
お勉強頑張ってくださいね^^*
t.fさんと同じ業界で働く日が来ることを楽しみにしています！