あおさん、こんにちは！

私は薬学部が6年制・4年制に分かれた2006年度に薬学部に入学しました。
4年制を選んだため、2010年に大学を卒業し、その後2年間大学院で勉強しました。
今年から製薬会社で研究員として働いています。

結論から申し上げますと、薬学部に6年間通った後、院に進学しなくても製薬会社に勤めることは可能です。
実際、私の会社には、研究職・開発職・製造職・営業職のどの職種にも、薬学部の6年制を卒業した者がいます。
ただ、いくつか注意点がありますので、以下に記載しますね。

第一に学科選択についてです。
薬学部の大きな特徴として、2006年度から6年制と4年制の2つのコースに分かれました。

6年制→薬剤師免許を取るコース
4年制→研究者を目指すコース

薬学部に進学したとしても4年制を選択すると、薬剤師の国家試験を受験する資格がもらえませんので注意してください。
また、受験前にコースを選択する大学と入学後にコースを選択する大学がありますので、そちらもよく調べる必要があります。

あおさんは製薬会社に興味をお持ちのようですが、どの職種で就職したいですか？
薬学部＝6年制というイメージが強いかもしれませんが、もし薬剤師になるつもりはなく、将来は研究職に就きたいと考えている場合は、4年制に進学し、その後大学院で研究を行うという道もあります。
また営業職に興味があるという場合は、4年制に進学し、そのまま就職という手もあるようです。

第二に、就職活動についてです。
製薬会社の募集要項をご覧になればわかりますが、薬学部4年制＋修士（大学院2年間）の学生と薬学部6年制の学生を同等に扱う会社もあれば、別に扱う会社もあります。

特に研究職に多いのですが、薬学部6年制の学生は、まれに応募資格がない場合があります。
それは、6年制の学生の場合、薬剤師になるために必要な試験の勉強、病院実習・薬局実習に時間がとられ、4年制＋修士の学生に比べ、研究に費やす時間が少ないと考えられているためです。

また、6年制に進学した場合、病院実習・薬局実習と就職活動の時期がかぶる可能性があります（ただ、経団連の倫理憲章により、あおさんが就職活動を行う頃は変わっているかもしれませんが...)。
4年制＋修士の学生に比べ、学業と就職活動の両立が大変になるかもしれません。

お役に立てましたか？
同じ薬学部といえども6年制と4年制で大きく異なりますので、じっくり考えてみてくださいね。
どちらの学科を選んだにせよ、「私は大学でこんな勉強をした、これだけは負けない！」という分野があれば、就職活動はうまく行くと思います。