jaaaayさん、こんにちは！

薬学部と農学部のどちらに進学すべきか悩んでいるのですね。
苦手科目や就職のことを考えて迷っておられるようですが、それよりもjaaaayさんが本当に何をしたいのかを大事にして決めてください。

まず薬学部に進学した場合、化学が苦手で心配...とのことですが、確かに生物を選択することで受験を乗り切ることはできるかもしれません。
しかし化学は薬学部、農学部どちらに進学しても必要となる基本の学問です。
ですので、早い段階で化学の苦手意識を克服することをお勧めします。
jaaaayさんは、化学のどの単元が苦手なのでしょうか？
過去に化学の勉強法について先輩リケジョがアドバイスしているものがありますので、ご覧になってみてください。

http://www.rikejo.jp/faq/info/thread_id/284
http://www.rikejo.jp/faq/info/thread_id/589

それから薬学部では薬に関して化学・生物・物理の観点から総合的に勉強します。
jaaaayさんは食品系やバイオ系に興味があるとのことですが、薬学部でも生物の勉強をすることは可能です。
実際、私の薬学部の同級生には生物を学び、専攻を活かして企業に就職した人が何人もいます。
大学によっては工学部や理学部で食品系・バイオ系の研究を行っているところもあります。
薬学部か農学部か悩んでいるのに選択肢を増やすようで申し訳ないですが、食品系・バイオ系を学べるのは農学部だけではないよ、ということをお伝えしたくて書きました。

次に就職に関して心配...とのことですが、どの学部に行ったから就職に有利不利というのは特にないと思います。
企業の求人を見ていただければ分かりますが、◯学部でなければ募集しません！という会社はあまりありません。
むしろ会社は多様な人材を欲しがっているので、色々な学部から採用しているケースが多いと感じます
（ただ、大学によって差がありますので、jaaaayさんが進学したいと思っている大学の卒業生の就職先をよく調べてみてください）。
ですから、就職活動の際に「この分野だけは誰にも負けない！」と自信をもって会社にアピールできるように、大学入学後は勉強してほしいです。

なんだかとりとめのない回答になってしまいましたね。
jaaaayさんの納得できる結論が出せることを祈っております。