似たような境遇だった農学部卒のロビンです。

私は
高１：化学 I
高２：生物 I 物理 I
高３：化学 II 生物 II
で、受験では化学と生物を使いました。

高２で化学をやっておいた方が良い、というアドバイスもありましたが、
中途半端に化学をやるくらいなら、大学に入ってからのために物理をきちんと理解しておいた方が良い、というアドバイスを聞いて、化学はほとんどやらずに物理と生物を学校の授業に沿って真面目にやるようにしていました。
（でももともと物理が苦手だったのと、生物系に進むつもりだったのとで、結局物理はあまりできなかったのですが）

私はそれでどうにかなったので、
高１のときある程度化学をちゃんと勉強していて、他に苦手な科目が無く高３になってから化学に割く時間があるのであれば、高２の間化学を勉強しなくてもよいと考えています。
１人で勉強する、というのはなかなか大変なことです。「化学やらなきゃ」と下手に焦って他の科目がおろそかになってしまうのはもったいないです。
その他の受験に使う科目、大学に入ってから必要不可欠であろう生物や英語、社会人になってから重要になるであろう国語や社会などの
授業の予習や復習をきちんとこなして、それでも余裕があったら化学もやってみるとよいかな、というのが私の意見です。

勉強の仕方は十人十色なので、あくまで一意見として、参考にしてください。

ちなみに私も理論化学の分野が苦手だったのですが、教科書をじっくり読んで克服しました。
苦手克服がんばってください！