こんにちは！

私も少しネットで調べてみて、poncyさんが書かれたとおり、「自然人類学」を銘打っている大学がとても少ない事を、初めて知りました。（さくっと検索しただけですが、秋田県立大学・東京女子大学・京都大学、がヒットしただけでした。）
考古学は結構あるのに不思議だなあと思い、もう少しネットで調べてみました。
なぜ自然人類学の分野が少ないのか考えられる理由としては、あくまで一部の見解に過ぎないかも知れませんが、「医療人類学」とか「生態学」といった、昨今の、医療とか環境とかの流れを受けたトレンドに対し、自然人類学と言う学問が普遍的なデータとして扱いづらくなっている実情があるのだそうです。(現在の人間科学の複雑さに比して「自然人類学の影響力が低下している」と言う表現がされていました。)
および、やはり「人類学」と言った場合、自然人類学以外に、文化人類学・社会人類学等々の複合的な学問であるのに関わらず、理系と文系にまたがるような性格があるため、理系の学問として独立させづらい、、、なども指摘されていました。（当然ですが、自然人類学が学問として淘汰されていると言う意味ではありません。）

と言うことで、大学の選択肢の多さの点では確かに考古学の方が「近道」かも知れません。また、考古学を学んでいる人の「文系で入ったは良いが、理系的要素が絶対必要！」と言う声が少なくないと言う点でも、理系的アプローチを考古学に期待できる可能性も、高いです。

ちなみに私自身を考えると「もろリケジョ」な人であるので、仮にいざ考古学を目指そうとする場合、入試の時点でちょっと難しいのだろうなあと思ったり、入学してからも、もろもろの文系科目の単位をこなす事は自身の興味関心事を考慮するとちょっと考えづらいので、やはり理系から入れる自然人類学的な場を求めるだろうなあと思ったりしました。
あと、考古学が「遺跡とか土器のような”モノ”寄り、あるいは太古の恐竜」なのに対して、自然人類学が「骨とかチンパンジーとかの”生物”寄り」である点でも、後者の方が身近に感じるようにも思いました。そして、私の場合はわりと大局的に物事を考えるタイプなので、やはり「人類学」を総合的に学ぶ方が向いているであろうとも思いました。

・・・などなど、以上はあくまで私の個人的な嗜好です！
poncyさんが文系理系を超えて受験および大学生活に臨み、人類の進化を考古学を軸にたどるのだとしても、得るものはもちろんあると思います！