ゆにゃさん、初めまして。

特に薬学部が有利ということはないと思います。
私自身、化粧品開発職に就いた訳ではないので、もっと詳しい方が回答されるかも知れませんが、私自身の知っている範囲で。
私は理学部化学の卒業ですが、化粧品関係のメーカーに行った友だちもいます。
同じ化粧品開発でもいろいろな知識を持った人が集まっているので、学科よりも大学でどんな研究をして来たか、の方が重要になってくると思います。
というか、理学部だから不利だ、薬学部だから有利だ、というのは化粧品関係ではあまり聞いた事はありませんよ。
理学部の化学でも、新しい化合物の合成の研究や分析、生物に近い研究をしていた人は、会社に入ってからも活躍できる知識を持つ事になるので、採用される事があると思います。
自分が行きたい方に行って頑張って下さいね。

ちなみに、大手のメーカーは福利厚生的に安定しているとは思いますが、あまり大手にこだわらずに自分がやりたいと思えるところを探す事をオススメしますよ。
それはまた就職の時期に考える事ですね^^;