こんにちは。
私の卒業した大学に微生物を研究している先生がいたので、分かる範囲でお答えしたいと思います。

微生物、と一口に言ってもいろいろありますよね。ですので、微生物の何を、もしくは何の微生物を勉強したいか、が大切になってきます。

例えば、私のいた大学では微生物でも「放線菌」というものを研究している研究室があります。はたまた、別の大学では「ミジンコ」を研究している研究室もあります。
ですので、もし、チーサンさんが、「微生物」といった大きなくくりでなく、もう少し突っ込んだ目的があれば、その研究をしている研究室のある大学を探す事は難しくないと思います。
大学では学問（科目）がどんどん細かくなります。例えば「生物」として高校で習いますが、大学で「生物」というカリキュラムを持っている所はあまり無いのではないかと思います。もっと、例えば「分子生物学」とか「遺伝子工学」なんて感じにどんどん細分化されているのです。

もちろん大きくとらえた「微生物」について研究している研究室のある大学では微生物について学ぶ事は出来ます。でも、最終的に研究室の教授がやっている研究をする事になるので、大学のカリキュラムも勿論ですが、その学科の教授たちが何の研究をしているかを知る事は大切です。
教授たちが何の研究をしているかを調べずに大学を決めてしまって、４年生になってから、「私がやりたかった研究が無い」なんて話も聞いたことがあります。

ですので、もしまだどんな微生物について勉強したいか決まっていなくても、教授たちが何の研究をしているかを知る事で道が見えてくるかもしれませんね。

ちなみに、私のいた学科は生命工学科、もしくは物質生命工学科と言う学科です。
微生物だと、工学部か農学部あたりが研究を盛んにやっていると思います。ですので、その辺にあたりをしぼってまずは、色々探してみると良いと思いますよ。
あ、病原菌の研究なんかは医学部の基礎研究科にもあったりします。

少しでも参考になれば幸いです。
頑張ってくださいね！