私の大好きな言葉に「選ばれてあることの恍惚と不安と二つ我にあり」というのがあります。
人より抜きんでて勉強ができる、優れているという事は優越感だったり、幸せな気持ちになれる要素もたくさんありますが、同時にそれは孤独感を伴うものです。
人より優れている事で仲間はずれにあったり、嫌がらせに合うという事はそれだけのコミュニティなんです、そのレベルにあわせるとtakosuke282さん、勿体ないですよ？

かく言う私自身は小さい頃から小太り、瓶底のようなメガネ、天井に向いた鼻、一重としっかりブサイクで育って来ました（苦笑）
私自身は殆どコンプレックスを抱いたことはないですが、容姿で勝負できないのはわかりきっていたので昔から勉強に走りまくっていました。
またtakosuke282さんと同じで、本を読むのが好きで、どちらかと言えば一人の世界に閉じこもるのもなんとも思わない方でした。

それでも環境が変わればそこにいる人も変わります。
私自身、高校入学当時は斜に構えてた部分があり、人とうまく話せないところもありましたが、共通の趣味などを通した仲間とは今でも付き合いがあります。
それから、これはあくまで余談だと思って聞いてもらいたいのですが、理系の女はモテます。
そんな容姿の私ですが、大学にいた頃は結構男子学生からチヤホヤされる事もありました。もちろん、自分磨きを忘れずにいた事で、大人になるにつれて少しずつ容姿がマシになってきた事も手伝っていると思いますが。

脅迫的に自分を変えようと思う必要はないと思いますが、苦手意識を持たずに周りの人に話しかけていって下さい。
頭の良い人は頭が良い人、理系の人は理系の人が好きですから。
仲間もたくさん作れると思いますよ。
深刻にならずに、未来の自分を信じて下さいね。

takosuke282さん、こんにちは。

他人と考え方が違うって、ダメな事なんでしょうか。
私はイイと思いますよ。

個性って、とても大事な事で、
「みんなと一緒じゃなきゃダメ」「仲間外れが怖いから合わせてる」
って、一番カッコ悪い事だと思います。
それって女の子の世界には凄く多くて、でも私は大嫌いで。
無理して合わせるぐらいなら、１人でいい。私は私。
そう思って生きてきました。

自分の意見や意志がないから集団で、
自分達には無いモノを持ってる人に嫉妬して、嫌がらせをして。
自分達が正しいんだって思いたいだけ。
そう思えば、１人でも全然辛くなんかないし、
例えどんなに辛くても自分を否定しないで下さい。

上手くまとめられなくて申し訳ないんですが、
私も中学時代は似たような感じでしたので、凄く気持ちは判ります。
軍隊でも、機械で作られた工業製品でもなく、人間ですから。
他人と違って当たり前です。
まずは、焦らずゆっくりでいいので、自分のイイ所
（ほら、考え方が他人と違う所や
理系科目が得意って書いてあるじゃないですか！）
に自信を持ちましょう！
これらは十分な長所ですよ。